当合同纠纷执行和解协议约定履行期限较长时，可通过多种方式保障申请执行人权益。首先，设置阶段性履行目标和验收机制。将长期履行期限划分为多个阶段，明确每个阶段的履行任务和时间节点，申请执行人可在每个阶段结束时对被执行人履行情况进行验收。例如，和解协议约定被执行人分五年履行债务，可每年设定一个履行金额目标，每年年底对被执行人当年履行情况进行审查，若未完成，及时采取措施。其次，要求被执行人提供担保。鉴于履行期限长，风险增加，可要求被执行人提供保证人担保或物的担保，且担保期限覆盖整个履行期。保证人需具备较强代偿能力，物的担保要办理合法有效的登记手续，如房产抵押登记，确保在被执行人违约时，申请执行人可通过担保实现债权。再者，约定违约责任时，提高违约成本。对于长期履行协议，一旦违约，可能给申请执行人造成更大损失，可约定高额违约金，如按未履行金额的一定比例逐年递增支付违约金，或要求被执行人赔偿申请执行人因违约遭受的全部直接和间接损失，以此约束被执行人履行。此外，执行法院可加强对长期履行和解协议案件的监管，定期回访双方，了解履行情况，对被执行人起到监督威慑作用。​

案例：甲公司与乙公司执行和解，约定乙公司分三年支付货款，未设置阶段性目标和担保。履行过程中，乙公司经营不善，第二年起无力支付货款，甲公司因缺乏有效保障措施，面临货款无法收回风险。​

法律分析：此案例中，因和解协议未设置保障措施，面对乙公司经营变化，甲公司权益难以保障。若协议中有阶段性付款目标，甲公司可在乙公司第二年未按时付款时及时采取行动；若有担保，甲公司可通过实现担保权减少损失。​

律师建议：申请执行人在签订履行期限较长的执行和解协议时，要充分考虑风险，主动提出设置阶段性履行目标、要求担保、提高违约成本等保障措施。执行过程中，密切关注被执行人经营状况等变化，利用好法院监管资源，确保自身权益在长期履行过程中不受损害。​